Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Palembang merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kementerian Kesehatan. Dalam Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor 10 Tahun 2023 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan, dicantumkan bahwa Struktur Organisasinya terdiri dari :

• Kepala Kantor

  Emmilya Rosa, SKM, MKM

• Ka Sub Bagian Administrasi Umum

  Heriyanto, ST, MKM

• Instalasi, Wilayah Kerja, Jabatan Fungsional